充值后店家跑了处理如下：可以向市场监督管理部门申请调取店家登记的工商信息和个人信息，然后依法提起民事诉讼维护自己合法权利。涉及金额较大，可能涉嫌诈骗的，可以向公安机关控告要求立案侦查。
法律依据：
《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
《刑事诉讼法》第一百一十二条
人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案。
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